Relacionado con la entrada anterior y como yo el que echaba en falta era el de Eclipse, aqui os dejo una versión de como podria ser.
Te metes en ~/.local/share/applications/ y creas el fichero eclipse.desktop con:
$ gedit ~/.local/share/applications/eclipse.desktop
Pegas el siguiente contenido:
#!/usr/bin/env xdg-open
[Desktop Entry]
Version=1.0
Type=Application
Terminal=false
StartupNotify=true
Icon=/opt/eclipse/icon.xpm
Name=Eclipse Indigo 3.7
Exec=env UBUNTU_MENUPROXY=0 /opt/eclipse/eclipse
He puesto en negrita la ruta donde se supone que está instalado eclipse (/opt/eclipse) si lo tienes en otra ubicación ajusta el path a donde se encuentre instalado.
Despues abres con nautilus el directorio ~/.local/share/applications/ y arrastras (drag & drop) el fichero recien creado sobre el lanzador de unity. Listo!
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Gracias es toda una pasada, ya me hacia falta modificar el menú de Unity.
Una fotillo de como se ve el menu no estaria mal.