Si quieres crear una estructura de arbol de directorios desde consola, debes ejecuta el comando «mkdir» con el parametro «-p». Ejemplo:
$ mkdir -p "Uno 1/Dos 2/Tres 3"
Creara una carpeta llamada «Uno 1», dentro guardara «Dos 2» y dentro de «Dos 2» guardara «Tres 3».
Tip extraido de : El Top 10 de las utilidades de la linea de comandos
Ubuntu Life 
y si por ejemplo quisiera dentro de uno dos y tres?
crear un arbol de directorios
\home\empresa
\home\empresa\ventas
\home\empresa\marketing
\home\empresa\recursos
\home\direccion\compartido
crear usuarios ventas, marketing, recursos, dirección
1)el home de de cada usuario será el directorio que lleva su nombre
2)cada usuario solo puede crear/borrar en su directorio y en compartido
3)todos los usuarios pueden ver los contenidos de todos los directorios
salvo en el de direccion
4)crear con cada usuario un fichero en su directorio, el cual pueda ser leido por
el resto
5) en el directorio dirección los usuarios no podrán listar(ls) los contenidos, pero
si podran pasar por él para acceder a compartido
6) el usuario direccion tiene todos los derechos en todos los directorios
Buen aporte.