Esta mañana me he llevado una desagradable sorpresa. Intentaba conectar con mi cuenta de Skype (que uso para el trabajo) y me salto el siguiente error: Skype has experienced a database error. Seguramente este error comenta el warning que se debe a que no tienes permisos adecuados o que se ha corrompido algun fichero.
Lo he solucionado de la siguiente manera. Me he ido a mi directorio Home y he borrado la carpeta .Skype, en esa carpeta se guardan los perfiles de los usuarios, el historico de conversaciones, etc…
Si te pasa y no quieres perder el contenido es mejor que saques una copia de seguridad de ese directorio.
Por lo demas no te preocupes, pues si borras la carpeta e intentas volver a entrar en tu cuenta lo hara sin problemas y conservando los contactos que ya tuvieras.
Yo creo que mi problema se debio mas a un problema con el historico de conversaciones, llevaba mas de 1 año sin borrar un cierto log que es bastante crecidito.
Ubuntu Life 
Me sirvio mucho tu ayuda muchas gracias aparte de los pasos que se tiene que seguir para resolver lo de la version de 64 bits del skype, me sirvio mucho.
Probado con ubuntu 13.04, (Tested with ubuntu 13.04).
Me sucedió lo mismo, lo solucioné abriendo el monitor de sistema, y matando las aplicaciones skype. (sí, al haber dos procesos de skype abiertos, genera conflictos) muy simple.
lo correcto es:
cd /home/tumbredeusuario
sudo chown -R tunombredeusuario:tunombredeusuario .