Gracias al comentario de un lector en la entrada: Keepnote, organiza tus notas, Conozco de la existencia de CherryTree, otro administrador que nos permite guardar nuestras anotaciones de manera jerarquica y posee caracteristicas que lo hacen bastante interesante como resaltado de sintaxis para diferentes lenguajes. Podeis descargarlo como paquete .deb desde la web del proyecto.
Ubuntu Life 
¿Cómo se activa el coloreador de sintaxis?
He probado tanto la versión windows como la de linux, y no lo encuentro :S
bueno el resaltado de sintaxis se aplica a codigo fuente, puede que ese sea el problema.
Tambien comentan:
syntax highlighting (only when the rich text is disabled in the current node)
Solo cuando el texto enriquecido esta deshabilitado en el nodo actual.
El problema es que no veo la manera de deshabilitar el texto enriquecido y seleccionar el tipo de lenguaje que tiene el fichero :S
Visto.
Tienes que hacer click derecho sobre el nodo y del menu emergente seleccionar: «Cambiar las propiedades del Nodo»
Sale un desplegable donde ya puedes seleccionar el resaltado de sintaxis deseado: hay varios lenguajes: Ada, c, java, etc
hola, estoy usando cherry tree y me sale con el fondo azul marino.
no encuentro la forma (si es que la hay) de cambiarlo a fondo blanco con letras negras.
es eso posible¿?