Lo comente hace tiempo pero recientemente me lo han vuelto a preguntar y no está mal recordarlo. Si ejecutas como usuario «root» alguna aplicacion del estilo de Nautilus o Synaptic, podrás ver que el look de la aplicación desentona con el tema actual GTK que estés utilizando como usuario normal. Si quieres que el usuario root utilice el mismo tema, ejecuta desde consola los siguientes comandos:
sudo ln -s ~/.icons /root/.icons
sudo ln -s ~/.themes /root/.themes
Ubuntu Life 
Se puede hacer también con Ubuntu Tweak ^^
Es algo que no se me había ocurrido y ciertamente se deshace de la molestia que es ver las ventanas con diferente apariencia que las demás.
Muchas gracias.
Jaja, y yo que entre pensando que era para ponerle iconos y temas distintos!
Yo por mi parte prefiero que sean distintos, asi uno no se confunde una ventana del nautilus comun con una de root.
Ejecutar aplicaciones GUI en root, es malvado.
Hola, soy el señor Synaptic y estoy muy ofendido XD
Y si queremos que además las aplicaciones que corren como root reconozcan que estamos usando appmenu ¿Cómo se hace? ¿Se puede?
Yo quiero hacer justo lo contrario. Me explico:
Hice lo que se indica arriba, pero ahora quiero volver a la situación anterior, porque aunque se vea feo como root, me resulta menos confuso y se en todo momento si soy usuario o root.
¿sabe alguien deshacer lo anterior para dejarlo como estaba?
me sucede lo contrario, cuando estoy como root el tema se ve bien pero cuando estoy con el usuario normal no, a que se debera eso? de antemano gracias