Si necesitas comparar el contenido de dos ficheros y ver que diferencias existen entre ellos, Meld es la herramienta que necesitas.
Para instalarlo:
sudo apt-get install meld
La interfaz es muy sencilla, Pulsas sobre New e indicas el fichero origen y el fichero destino que quieres comparar, automaticamente te muestra las diferencias por pantalla.
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Comentar que es fácil perder la sincronización del desplazamiento vertical de ambos ficheros, para recuperarlo simplemente pulsar la tecla ALT.
La sincronización se pierde, por ejemplo, al pasar a otras ventanas pulsando ALT+TAB.
La verdad que a mi el meld me ha sido bastante útil a la hora de comprobar ficheros de configuración.
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